Jeden z głównych przedstawicieli polskiego modernizmu. Współdziałał z towarzystwem Sztuka (1897).  W 1897 objął katedrę pejzażu w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych, gdzie wprowadził metodę studiów plenerowych. Uznawany jest za twórcę "krakowskiej szkoły pejzażowej". Jako profesor krakowskiej akademii zreformował on radykalnie sposób nauczania wyprowadzając swych uczniów z pracowni w plener; zajęcia prowadził w Ogrodzie Botanicznym i w Parku Jordana, malował wraz ze studentami widoki Tyńca, Tęczynka, Krzemionek i Dębnik, wyjeżdżał do Zakopanego. Ucząc bezpośredniego stosunku do natury i zarazem poszukując pod zmienną powierzchnią zjawisk przyrody metafizycznej esencji bytu, Stanisławski wywarł niezatarte piętno na polskim malarstwie pejzażowym. Z "klasy pejzażowej" Jana Stanisławskiego wyszło wielu znanych pejzażystów.

Malował małe, nastrojowe, syntetyczne pejzaże o szerokiej plamie barwnej, np. Bodiak (ok. 1885), Lato (po 1900), Obłok (1903), Stodoły w Pustowarni, Topole nad wodą.